Podczas II wojny światowej bp Jan Kanty Lorek, kapłani oraz osoby zakonne z narażeniem życia nieśli pomoc ludności żydowskiej.
W czasie okupacji hitlerowskiej w Polsce (1939-1945) wielu duchownych i świeckich katolików włączyło się w niesienie pomocy i ratowanie osób narodowości żydowskiej przed zagładą. Nie bacząc na konsekwencje (za pomoc Żydom groziła śmierć), biskupi, kapłani, osoby zakonne i świeccy wspomagali ludność zamkniętą w gettach, pomagali ukrywać się całym rodzinom oraz ratowali żydowskie dzieci.
W diecezji sandomierskiej ówczesny administrator apostolski bp Lorek osobiście zaangażował się w niesienie takiej pomocy oraz apelował o to także do swoich kapłanów. Osoby narodowości żydowskiej były ukrywane w budynkach Wyższego Seminarium Duchownego i na strychu katedry. Biskup Lorek osobiście zaproponował ukrycie rabinowi Ostrowca Yehielowi Halviemu Halschtokowi, jednak ten odmówił, pragnąc być solidarnym ze swoim narodem, bo - jak sam twierdził - nie może ratować tylko siebie, kiedy ginie jego naród. W archiwach diecezjalnych zachowały się dokumenty, w których świadkowie opisują fakt przechowywania Żydów na strychu sandomierskiej bazyliki katedralnej.
W jednym z dokumentów bp Walenty Wójcik, sufragan sandomierski, pisze o wielkim uznaniu, jakim cieszył się bp Lorek i że "ufano mu jako dobremu człowiekowi". Biskup Wójcik wspomina, że "gdy zaczęto zamykać Żydów do getta, pod żadnym pozorem nie wolno było się oddalać poza jego teren. Ludzie jednak wychodzili, starając się o żywność. Nie stosujących się do zarządzenia władz niemieckich, żandarmi chwytali na ulicy, bili, strzelali. Ksiądz Biskup zaprotestował u miejscowego komendanta i uzyskał to, że schwytanych Żydów opuszczających getto odprowadzano z powrotem bez żadnych represji".
Maszynopis ten znajduje się w zbiorach Anny Michalskiej. Biskup Wójcik opisał także fakt ocalenia Żydówki o nazwisku Czapnikówna, której bp Lorek pomógł w ucieczce z sandomierskiego getta i zapewnił schronienie w Domu Prowincjalnym Sióstr Służek Najświętszej Maryi Niepokalanej. Biskup Wójcik wspomina: "W sandomierskim szpitalu w czasie okupacji pracowała młoda Żydówka Czapnikówna (imienia nie pamiętam), która była higienistką. Bardzo dobra, kulturalna, pracowita dziewczyna. Siostry zakonne przechowywały ją przed Niemcami w domu przy ulicy Mickiewicza. Niemcy przeszukiwali wszystkie okoliczne kamienice, podejrzewając Polaków o walkę podziemną. Dlatego też należało zmienić miejsce kryjówki p. Czapnikówny. Siostra Helena Łoboda przeprowadza ją do miejscowości Czyżów Szlachecki za Zawichostem. Piętnaście kilometrów szły pieszo szosą, polnymi drogami i aby nie zwracać na siebie uwagi, niosły ze sobą sierpy i wiązki zboża. Przy wejściu do dworu w Czyżowie natknęły się na niemiecki patrol wojskowy, który zatrzymał obie kobiety, pytając, skąd i dokąd idą. Odpowiedziały z bijącym sercem, że wracają zmęczone z pola, gdzie odbierały zboże przy żniwach. Niemcy uwierzyli i przepuścili dziewczyny. Przez pewien czas p. Czapnikówna przechowywana była w Czyżowie Szlacheckim koło Zawichosta. Wojnę szczęśliwie przeżyła. Po wyzwoleniu osiedliła się na Ziemiach Zachodnich Polski. Po pewnym czasie przyjechała na krótko do Sandomierza, by wyrazić swoje podziękowanie siostrom zakonnym za uratowanie życia".