Powstanie kościoła poza murami starego miasta związane było z przybyciem do Sandomierza w 1672 r. franciszkanów reformatów. Dzięki pomocy wielu ofiarodawców mogli rozpocząć budowę klasztoru i kościoła. Na miejsce fundacji wybrano najwyższe sandomierskie wzgórze i plac ofiarowany franciszkanom koło zabytkowego, nieistniejącego już kościoła św. Wojciecha.