Ziemia Sandomierska była świadkiem wielu działań związanych z powstaniem z 1863 roku. W walkę o niepodległość włączyło się wielu kapłanów, często okupując to życiem.
Na naszych ziemiach pełno pamiątek po powstańcach z 1863 roku. Sandomierszczyzna, Ziemia Opatowska, Galicja i Lasy Janowskie były świadkami działalności zbrojnych oddziałów, potyczek i krwawych bitew.
Od początku lat 60. XIX w. w wielu parafiach leżących na terenie niedawno powstałej diecezji sandomierskiej organizowano nabożeństwa i manifestacje religijno-patriotyczne, za co wielu kapłanów było prześladowanych i więzionych przez władze carskie. W sprawę organizacji powstania od początku włączało się bardzo wielu kapłanów. Na sprawę odzyskania niepodległości przez Polskę nie był obojętny także ówczesny ordynariusz sandomierski bp Józef Michał Juszyński, który już w 1861 r. udzielił poparcia manifestacjom patriotycznym. Osobiście uczestniczył w słynnej manifestacji odpustowej na Świętym Krzyżu 14 września 1861 r., a następnie w nocy wziął udział w tajnej naradzie duchownych i świeckich, na której postanowiono rozbudzać „ducha polskiego”, co w konsekwencji prowadziło do przygotowania powstania.
Na pierwszej linii frontu
Nastroje te doprowadziły do utworzenia wielu oddziałów powstańczych, które podjęły walkę z Moskalami podczas insurekcji styczniowej. Do powstania poszło wielu kapłanów i kleryków, którzy albo zginęli podczas walk, albo ponieśli śmierć na syberyjskim zesłaniu. Ślady zbrojnych działań przetrwały do dziś w postaci powstańczych mogił w Opatowie, Górach Wysokich, Dwikozach, Sandomierzu czy Rytwianach. Podczas trwania powstania rząd carski wydał okólnik, który nakazywał karać śmiercią także księży wziętych do niewoli z bronią w ręku.
Represjami popowstaniowymi objęto nie tylko czynnych powstańców, ale także tych, którzy moralnie i materialnie wspierali ruch zbrojny. Na terenie diecezji sandomierskiej uwięziono 92 duchownych, czyli aż jedną piątą z nich. 31 zesłano na Sybir, w tym 22 księży diecezjalnych i 9 zakonników. W bitwie powstańczej zginął ks. Franciszek Przybyłowski, który poległ w Opatowie 21 lutego 1864 r., prowadząc szturm powstańców na wojska carskie.
Wielu kapłanów zostało zamordowanych w drodze na miejsce kaźni lub zmarło na Syberii. Oczywiście wielu przetrwało czas katorgi, jednak po powrocie byli wyniszczeni fizycznie i psychicznie. Wielu obawiając się represji, udało się na emigrację, już z niej nie powracając z obawy przed konsekwencjami. Represje objęły także zgromadzenia zakonne, spośród których kilka zlikwidowano, a inne przez zakaz przyjmowania nowych członków skazano na wygaśnięcie.
Znaczny i czynny udział księży i kleryków oraz zaangażowanie zakonów w powstanie styczniowe spowodowało szereg konfliktów między władzą kościelną z władzami carskimi. W wielu wypadkach biskup osobiście interweniował u władz w sprawach aresztowanych księży. Jednak te działania rzadko przynosiły jakiekolwiek rezultaty. Biskup Juszyński wysłał 19 maja 1863 r. do papieża Piusa IX list-memoriał na temat położenia duchowieństwa i spraw kościelnych w swojej diecezji. Po wywiezieniu na zesłanie abp. Felińskiego do Jarosławia nad Wołgą zarządził w diecezji żałobę kościelną. Jednak pod koniec powstania wezwał resztki ukrywających się powstańców do zdania się na łaskę rządu.
Pozostali w pamięci
O dużym zaangażowaniu społecznym i zbrojnym w działalność niepodległościową podczas powstania styczniowego świadczą pamiątki, które można zobaczyć w Muzeum Diecezjalnym. Znajduje się tam wiele pamiątek związanych bezpośrednio z powstaniem styczniowym, tj. proporzec oddziału powstańczego, klamra do pasa żołnierskiego, biżuteria patriotyczna. Niezwykle cenne są pamiątki związane z powstańcami, jak między innymi fajka wykonana na zesłaniu syberyjskim czy niedawno przekazana do muzeum szkatułka także wykonana na dalekiej Syberii przez zesłanych tam powstańców. Zwieńczeniem tych pamiątek jest rzeźba „Pius IX błogosławi Polonię” z nadzieją na odzyskanie upragnionej wolności. Wiele tych pamiątek pochodzi z kolekcji ks. J. Wiśniewskiego, który był wikarym w Ćmielowie, gdzie w czasie powstania proboszczem był słynny z patriotyzmu ks. Kotkowski.
Od kilkunastu lat organizowany jest Marsz Szlakiem Puławiaków, który upamiętnia bojowy szlak powstańczego oddziału studentów Instytutu Politechnicznego w Puławach. Nocą z 22 na 23 stycznia 1863 r. wyruszyli oni z Puław, by w następnych dniach zająć m.in. Kazimierz Dolny (tu dołączyło do nich ok. 140 ludzi) i przejąć 48 tys. rubli z opanowanej pod Kurowem poczty.
8 lutego pod Słupczą oddział został otoczony przez Rosjan i rozbity. Pogoń carskich żołnierzy dopadły niedobitki w Dwikozach. Część rannych powstańców uciekła do Sandomierza, gdzie w Bramie Opatowskiej usiłowano zbudować barykadę. Szanse obrony były jednak ograniczone z powodu zbyt małej liczby obrońców i wielu rannych. Zdolni do ucieczki powstańcy wycofali się przez Wisłę, a reszta przedostała się do oddziału gen. Mariana Langiewicza. Pośród Puławiaków walczył także Adam Chmielowski, później święty Brat Albert.