Kopalnia fosforytów w Annopolu to obiekt dość rozległy; długość zachowanych korytarzy wynosi aż kilkanaście kilometrów. Większa jej część jest jednak niedostępna z powodu licznych zawałów. W sierpniu 2008 r. podjęto decyzję o stworzeniu interdyscyplinarnej grupy eksploracyjno-badawczej. Kierownikiem i koordynatorem jej prac jest Marcin Machalski z Instytutu Paleontologii PAN w Warszawie. Grupa duży nacisk położyła na konieczność oznakowania i zabezpieczenia otworu wejściowego do kopalni. Obecnie wejście do podziemi jest zamknięte i stale monitorowane.

Kopalnia budzi zainteresowanie nie tylko grotołazów, ale także miłośników prahistorii.
W jej korytarzach znaleziono szczątki ichtiozaura, zęby i kręgi rekinów,  pojedyncze elementy kostne morskich kręgowców z okresu kredy. Annopolska kopalnia stanowi także schronienie różnorodnej podziemnej flory i fauny; zaobserwowano tam 4 gatunki nietoperzy ( ok. 50 osobników).

– Annopolski skarbiec ze skamieniałościami nie ma sobie równych w utworach kredowych Polski. Jest to także jedyny zachowany zabytek górnictwa fosforytów w całej Europie. W przyszłości warto udostępnić do zwiedzania niektóre fragmenty kopalni. Tak ożywiona stanowiłaby niewątpliwie najatrakcyjniejszy punkt na mapie projektowanego geoparku  Małopolski Przełom Wisły – powiedział Marcin Machalski.

Wydobyte z kopalni skamieniałości, czytamy w folderze „Skarby annopolskie kopalni” autorstwa Marcina Machalskiego, są badane przez specjalistów z Polski , Francji, Belgii, Rosji oraz Wielkiej Brytanii.